Especialistas manipulam amostras no laboratório da USP em Piracicaba que atua na genômica funcional – Foto: Gerhard Waller
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O Laboratório Multiusuários Centralizado em Genômica Funcional Aplicada à Agropecuária e Agroenergia, sediado na Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (Esalq) da USP, está envolvido em parcerias que têm contribuído efetivamente para a geração de pesquisas médicas na área das ciências ômicas, ou seja, relacionadas a estudos de DNA (genômica), RNA (transcriptômica), proteínas (proteômica) e metabólitos (metabolômica).
Uma instituição de pesquisa que tem utilizado as ferramentas ômicas é o A.C.Camargo Cancer Center, um centro integrado de diagnóstico, tratamento, ensino e pesquisa do câncer. O A.C.Camargo Cancer Center possui uma ampla experiência em genômica e transcriptômica, sendo a maior parte dos projetos desenvolvidos neste campo.
“De uma maneira geral, proteômica e metabolômica ainda é um campo pouco explorado em nossa instituição. No momento, estamos em fase de inserção dessas tecnologias a partir de uma colaboração com o Laboratório Multiusuários da Esalq, fazendo uso dos equipamentos de espectrometria de massas [que permite a identificação de proteínas em uma amostra] no Laboratório de Proteômica e Metabolômica, coordenado pelo professor Carlos Alberto Labate”, diz a biomédica Elisângela de Jesus Silva, atualmente realizando pós-doutorado no grupo de pesquisa da Patologia Investigativa do A.C.Camargo Center.
Segundo Elisângela, os principais benefícios do uso de estratégias ômicas em cancerologia estão relacionados ao estudo dos mecanismos moleculares responsáveis pela carcinogênese (as causas e como surge o câncer) e pela progressão da doença, além da busca de biomarcadores diagnósticos, prognósticos (qual a tendência de evolução da doença) e que possam predizer se haverá resposta a tratamentos para diversos tipos de tumores. “A ideia é que a futura translação desses conhecimentos para a clínica médica possa contribuir no desenvolvimento da medicina personalizada, trazendo maior expectativa de sobrevivência e melhor qualidade de vida para pacientes oncológicos”, diz ela.
“O objetivo inicial do projeto em que estou envolvida é aplicar técnicas de proteômica label-free [método que quantifica as proteínas de uma amostra] e metabolômica em tecidos cancerosos e biofluidos de pacientes acometidos por tumores associados ao vírus do papiloma humano (do inglês HPV, Human Papiloma Virus), como câncer de pênis e da boca”, conta a biomédica, afirmando que a integração destas abordagens contribuirá para o desenvolvimento de biomarcadores de valor clínico significativo, incluindo a predição de resposta à imunoterapias. “Até o momento enviamos ao Laboratório Multiusuários da Esalq apenas amostras de câncer de pênis para realização de um teste piloto”, revela.
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Odontologia
Outra área beneficiada com os estudos que utilizam as ciências ômicas é a odontologia. “As ferramentas vieram para ficar, embora o acesso em termos de custo e as dificuldades na análise (bioinformática) sejam particularmente impactantes. A facilidade de varrer inúmeros genes é fascinante e permite uma visão muito mais global no contexto, em meu caso, de algumas doenças genéticas da cavidade oral”, diz o professor Ricardo Coletta, da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp). O professor já fez uso do Centro de Genômica Funcional – que é coordenado pelo professor Luiz Lehmann Coutinho, e também faz parte do Laboratório Multiusuários da Esalq – e ressalta a competência da equipe e a vantagem dos alunos acompanharem o processamento de análise das amostras.
Segundo Colleta, seu grupo de pesquisa utiliza as ferramentas ômicas para descobertas de mutações/variantes polimórficas associadas à síndromes ou doenças genéticas raras da cavidade oral, incluindo fibromatose gengival hereditária (doença rara caracterizada pelo aumento progressivo do tecido gengival) e fissura labiopalatina (malformação em indivíduos que nascem com o fechamento incompleto do céu da boca), além de usarem especificamente espectrometria de massas para caracterizar biomarcadores proteicos associados ao câncer de boca.
O pesquisador cita que um dos resultados que seu grupo de pesquisa conseguiu obter foi “descrever mutações novas em casos de fibromatose [doença caracterizada pelo crescimento do tecido conjuntivo] e de oligodontia não-sindrômica [anomalia dentária envolvendo a ausência de seis ou mais dentes permanentes]”, diz. “Estamos analisando os dados de outras doenças. No caso da espectrometria de massas, já descrevemos vários marcadores com potencial prognóstico, contudo muito ainda tem que ser realizado antes de levá-los a prática clínica, seja como marcadores, seja como alvos terapêuticos para o câncer oral”, explica.
Financiado pela Fapesp, o Laboratório Multiusuários Centralizado em Genômica Funcional Aplicada à Agropecuária e Agroenergia fica na Esalq, no campus da USP em Piracicaba, e atende a demandas de diferentes instituições, como universidades e empresas.
Tássia Oliveira Biazon, especial para o Jornal da USP
Mais informações: e-mail
Autor: Jornal da USP
Fonte: Jornal da USP
Sítio Online da Publicação: Jornal da USP
Data de Publicação: 26/07/2018
Publicação Original: https://jornal.usp.br/ciencias/ciencias-biologicas/ciencias-omicas-abrem-caminhos-para-a-medicina-personalizada/
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O Laboratório Multiusuários Centralizado em Genômica Funcional Aplicada à Agropecuária e Agroenergia, sediado na Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (Esalq) da USP, está envolvido em parcerias que têm contribuído efetivamente para a geração de pesquisas médicas na área das ciências ômicas, ou seja, relacionadas a estudos de DNA (genômica), RNA (transcriptômica), proteínas (proteômica) e metabólitos (metabolômica).
Uma instituição de pesquisa que tem utilizado as ferramentas ômicas é o A.C.Camargo Cancer Center, um centro integrado de diagnóstico, tratamento, ensino e pesquisa do câncer. O A.C.Camargo Cancer Center possui uma ampla experiência em genômica e transcriptômica, sendo a maior parte dos projetos desenvolvidos neste campo.
“De uma maneira geral, proteômica e metabolômica ainda é um campo pouco explorado em nossa instituição. No momento, estamos em fase de inserção dessas tecnologias a partir de uma colaboração com o Laboratório Multiusuários da Esalq, fazendo uso dos equipamentos de espectrometria de massas [que permite a identificação de proteínas em uma amostra] no Laboratório de Proteômica e Metabolômica, coordenado pelo professor Carlos Alberto Labate”, diz a biomédica Elisângela de Jesus Silva, atualmente realizando pós-doutorado no grupo de pesquisa da Patologia Investigativa do A.C.Camargo Center.
Segundo Elisângela, os principais benefícios do uso de estratégias ômicas em cancerologia estão relacionados ao estudo dos mecanismos moleculares responsáveis pela carcinogênese (as causas e como surge o câncer) e pela progressão da doença, além da busca de biomarcadores diagnósticos, prognósticos (qual a tendência de evolução da doença) e que possam predizer se haverá resposta a tratamentos para diversos tipos de tumores. “A ideia é que a futura translação desses conhecimentos para a clínica médica possa contribuir no desenvolvimento da medicina personalizada, trazendo maior expectativa de sobrevivência e melhor qualidade de vida para pacientes oncológicos”, diz ela.
“O objetivo inicial do projeto em que estou envolvida é aplicar técnicas de proteômica label-free [método que quantifica as proteínas de uma amostra] e metabolômica em tecidos cancerosos e biofluidos de pacientes acometidos por tumores associados ao vírus do papiloma humano (do inglês HPV, Human Papiloma Virus), como câncer de pênis e da boca”, conta a biomédica, afirmando que a integração destas abordagens contribuirá para o desenvolvimento de biomarcadores de valor clínico significativo, incluindo a predição de resposta à imunoterapias. “Até o momento enviamos ao Laboratório Multiusuários da Esalq apenas amostras de câncer de pênis para realização de um teste piloto”, revela.
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Odontologia
Outra área beneficiada com os estudos que utilizam as ciências ômicas é a odontologia. “As ferramentas vieram para ficar, embora o acesso em termos de custo e as dificuldades na análise (bioinformática) sejam particularmente impactantes. A facilidade de varrer inúmeros genes é fascinante e permite uma visão muito mais global no contexto, em meu caso, de algumas doenças genéticas da cavidade oral”, diz o professor Ricardo Coletta, da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp). O professor já fez uso do Centro de Genômica Funcional – que é coordenado pelo professor Luiz Lehmann Coutinho, e também faz parte do Laboratório Multiusuários da Esalq – e ressalta a competência da equipe e a vantagem dos alunos acompanharem o processamento de análise das amostras.
Segundo Colleta, seu grupo de pesquisa utiliza as ferramentas ômicas para descobertas de mutações/variantes polimórficas associadas à síndromes ou doenças genéticas raras da cavidade oral, incluindo fibromatose gengival hereditária (doença rara caracterizada pelo aumento progressivo do tecido gengival) e fissura labiopalatina (malformação em indivíduos que nascem com o fechamento incompleto do céu da boca), além de usarem especificamente espectrometria de massas para caracterizar biomarcadores proteicos associados ao câncer de boca.
O pesquisador cita que um dos resultados que seu grupo de pesquisa conseguiu obter foi “descrever mutações novas em casos de fibromatose [doença caracterizada pelo crescimento do tecido conjuntivo] e de oligodontia não-sindrômica [anomalia dentária envolvendo a ausência de seis ou mais dentes permanentes]”, diz. “Estamos analisando os dados de outras doenças. No caso da espectrometria de massas, já descrevemos vários marcadores com potencial prognóstico, contudo muito ainda tem que ser realizado antes de levá-los a prática clínica, seja como marcadores, seja como alvos terapêuticos para o câncer oral”, explica.
Financiado pela Fapesp, o Laboratório Multiusuários Centralizado em Genômica Funcional Aplicada à Agropecuária e Agroenergia fica na Esalq, no campus da USP em Piracicaba, e atende a demandas de diferentes instituições, como universidades e empresas.
Tássia Oliveira Biazon, especial para o Jornal da USP
Mais informações: e-mail
Autor: Jornal da USP
Fonte: Jornal da USP
Sítio Online da Publicação: Jornal da USP
Data de Publicação: 26/07/2018
Publicação Original: https://jornal.usp.br/ciencias/ciencias-biologicas/ciencias-omicas-abrem-caminhos-para-a-medicina-personalizada/
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